| Heimtabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | BC Aichach | 17 | 11 | 4 | 2 | 39:23 | 16 | 37 |
| 2. | (2) | FC Pipinsried | 17 | 11 | 3 | 3 | 41:15 | 26 | 36 |
| 3. | (4) | VfR Garching (N) | 17 | 9 | 5 | 3 | 35:14 | 21 | 32 |
| 4. | (3) | VfB Eichstätt | 17 | 9 | 3 | 5 | 25:17 | 8 | 30 |
| 5. | (5) | TSV Bogen (N) | 17 | 8 | 4 | 5 | 32:25 | 7 | 28 |
| 6. | (6) | 1. FC Sonthofen | 17 | 7 | 6 | 4 | 27:21 | 6 | 27 |
| 7. | (7) | SV Pullach (N) | 17 | 7 | 5 | 5 | 29:18 | 11 | 26 |
| 8. | (11) | BCF Wolfratshausen | 17 | 7 | 4 | 6 | 34:29 | 5 | 25 |
| 9. | (8) | SpVgg Unterhaching II | 17 | 8 | 1 | 8 | 33:29 | 4 | 25 |
| 10. | (9) | SpVgg Hankofen-Hailing | 17 | 7 | 4 | 6 | 22:24 | -2 | 25 |
| 11. | (10) | SB DJK Rosenheim | 17 | 6 | 5 | 6 | 23:24 | -1 | 23 |
| 12. | (12) | FC Unterföhring (N) | 17 | 5 | 4 | 8 | 27:20 | 7 | 19 |
| 13. | (13) | TSV Schwabmünchen | 17 | 5 | 4 | 8 | 27:29 | -2 | 19 |
| 14. | (14) | SV Raisting (N) | 17 | 4 | 6 | 7 | 24:27 | -3 | 18 |
| 15. | (15) | FC Ismaning | 17 | 4 | 5 | 8 | 22:30 | -8 | 17 |
| 16. | (18) | Wacker Burghausen II | 17 | 4 | 4 | 9 | 25:34 | -9 | 16 |
| 17. | (16) | FC Affing | 17 | 4 | 4 | 9 | 28:39 | -11 | 16 |
| 18. | (17) | SpVgg Landshut | 17 | 4 | 3 | 10 | 17:27 | -10 | 15 |
Der BC Aichach und Wacker Burghausen II ziehen ihre Bayernliga-Mannschaft nach der laufenden Saison aus dem Spielbetrieb zurück.
Beide Mannschaften werden unmittelbar nach dem letzten Spieltag an das Tabellenende der Bayernliga Süd gesetzt (17. Aichach; 18. Burghausen).
Dadurch gibt es aus der Bayernliga Süd in der aktuellen Spielzeit 2013/14 keinen Festabsteiger.
Das Spiel Wacker Burghausen II - FC Ismaning (21. Spieltag) wurde vom Sportgericht mit 2:0 für den FC Ismaning gewertet. Das ursprüngliche Ergebnis lautete 5:2.
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