| Auswärtstabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | VfR Garching (N) | 17 | 11 | 1 | 5 | 32:17 | 15 | 34 |
| 2. | (2) | BC Aichach | 17 | 11 | 1 | 5 | 34:28 | 6 | 34 |
| 3. | (3) | SV Pullach (N) | 17 | 9 | 6 | 2 | 31:17 | 14 | 33 |
| 4. | (4) | VfB Eichstätt | 17 | 9 | 5 | 3 | 25:17 | 8 | 32 |
| 5. | (5) | FC Pipinsried | 17 | 8 | 4 | 5 | 26:19 | 7 | 28 |
| 6. | (6) | TSV Schwabmünchen | 17 | 7 | 5 | 5 | 22:21 | 1 | 26 |
| 7. | (9) | FC Unterföhring (N) | 17 | 6 | 6 | 5 | 26:23 | 3 | 24 |
| 8. | (7) | SV Raisting (N) | 17 | 7 | 3 | 7 | 18:25 | -7 | 24 |
| 9. | (8) | SpVgg Landshut | 17 | 6 | 5 | 6 | 25:29 | -4 | 23 |
| 10. | (13) | SpVgg Hankofen-Hailing | 17 | 7 | 2 | 8 | 24:34 | -10 | 23 |
| 11. | (10) | Wacker Burghausen II | 17 | 4 | 8 | 5 | 28:26 | 2 | 20 |
| 12. | (11) | TSV Bogen (N) | 17 | 6 | 2 | 9 | 30:38 | -8 | 20 |
| 13. | (12) | SpVgg Unterhaching II | 17 | 5 | 5 | 7 | 23:39 | -16 | 20 |
| 14. | (14) | SB DJK Rosenheim | 17 | 5 | 3 | 9 | 28:41 | -13 | 18 |
| 15. | (17) | 1. FC Sonthofen | 17 | 3 | 5 | 9 | 22:30 | -8 | 14 |
| 16. | (15) | FC Affing | 17 | 3 | 5 | 9 | 17:39 | -22 | 14 |
| 17. | (16) | FC Ismaning | 17 | 2 | 6 | 9 | 17:29 | -12 | 12 |
| 18. | (18) | BCF Wolfratshausen | 17 | 3 | 2 | 12 | 17:38 | -21 | 11 |
Der BC Aichach und Wacker Burghausen II ziehen ihre Bayernliga-Mannschaft nach der laufenden Saison aus dem Spielbetrieb zurück.
Beide Mannschaften werden unmittelbar nach dem letzten Spieltag an das Tabellenende der Bayernliga Süd gesetzt (17. Aichach; 18. Burghausen).
Dadurch gibt es aus der Bayernliga Süd in der aktuellen Spielzeit 2013/14 keinen Festabsteiger.
Das Spiel Wacker Burghausen II - FC Ismaning (21. Spieltag) wurde vom Sportgericht mit 2:0 für den FC Ismaning gewertet. Das ursprüngliche Ergebnis lautete 5:2.
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