| Heimtabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | SSV Reutlingen 05 | 17 | 16 | 1 | 0 | 57:12 | 45 | 49 |
| 2. | (2) | SC Pfullendorf | 16 | 11 | 4 | 1 | 29:11 | 18 | 37 |
| 3. | (3) | VfR Mannheim | 16 | 11 | 3 | 2 | 36:20 | 16 | 36 |
| 4. | (6) | Bayern München II | 17 | 10 | 2 | 5 | 41:26 | 15 | 32 |
| 5. | (4) | VfB Stuttgart II | 17 | 8 | 7 | 2 | 26:13 | 13 | 31 |
| 6. | (5) | Wacker Burghausen | 16 | 9 | 3 | 4 | 27:16 | 11 | 30 |
| 7. | (7) | 1860 München II | 16 | 7 | 7 | 2 | 27:17 | 10 | 28 |
| 8. | (8) | Quelle Fürth (N) | 16 | 7 | 7 | 2 | 27:23 | 4 | 28 |
| 9. | (12) | SV Wehen | 17 | 7 | 5 | 5 | 31:23 | 8 | 26 |
| 10. | (9) | FC Augsburg | 16 | 7 | 5 | 4 | 27:19 | 8 | 26 |
| 11. | (13) | 1. FC Schweinfurt 05 | 17 | 8 | 2 | 7 | 26:20 | 6 | 26 |
| 12. | (10) | FSV Frankfurt | 16 | 7 | 5 | 4 | 26:23 | 3 | 26 |
| 13. | (14) | VfR Aalen (N) | 17 | 6 | 7 | 4 | 29:21 | 8 | 25 |
| 14. | (11) | SV Darmstadt 98 (N) | 16 | 6 | 7 | 3 | 21:18 | 3 | 25 |
| 15. | (16) | TSF Ditzingen | 17 | 5 | 7 | 5 | 28:23 | 5 | 22 |
| 16. | (15) | Borussia Fulda | 17 | 5 | 6 | 6 | 18:18 | 0 | 21 |
| 17. | (17) | Karlsruher SC II | 16 | 4 | 6 | 6 | 26:26 | 0 | 18 |
| 18. | (18) | SV Lohhof (N) | 17 | 2 | 2 | 13 | 17:49 | -32 | 8 |
Der Tabellenerste steigt direkt in die 2. Bundesliga auf, der Zweite kommt in die Aufstiegsrunde. Bis Rang elf qualifizieren sich die Teams für die zweigleisige Regionalliga. Der Tabellenzwölfte muss in die Relegation.
Der FC Augsburg erhält keine Regionalliga-Lizenz für die Saison 2000/01 und steht damit als Absteiger fest. Die 2. Mannschaft des Karlsruher SC muss wegen des Zweitligaabstiegs des KSC in die Oberliga.
Die Partie FSV Frankfurt - VfB Stuttgart Am. (34. Spieltag; 1:0) wurde mit 0:2 gewertet, da Frankfurt einen nicht auf dem Spielberichtsbogen aufgelisteten Akteur eingesetzt hatte.
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