| Auswärtstabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | SSV Reutlingen 05 | 16 | 11 | 2 | 3 | 39:10 | 29 | 35 |
| 2. | (2) | Karlsruher SC II | 17 | 7 | 5 | 5 | 29:23 | 6 | 26 |
| 3. | (3) | SC Pfullendorf | 17 | 7 | 3 | 7 | 28:24 | 4 | 24 |
| 4. | (4) | Wacker Burghausen | 17 | 5 | 7 | 5 | 25:26 | -1 | 22 |
| 5. | (7) | SV Darmstadt 98 (N) | 17 | 5 | 6 | 6 | 26:29 | -3 | 21 |
| 6. | (5) | 1860 München II | 17 | 5 | 5 | 7 | 21:20 | 1 | 20 |
| 7. | (6) | FC Augsburg | 17 | 5 | 5 | 7 | 14:20 | -6 | 20 |
| 8. | (9) | VfR Mannheim | 17 | 3 | 9 | 5 | 22:33 | -11 | 18 |
| 9. | (8) | VfR Aalen (N) | 16 | 5 | 3 | 8 | 21:33 | -12 | 18 |
| 10. | (10) | VfB Stuttgart II | 16 | 3 | 7 | 6 | 23:21 | 2 | 16 |
| 11. | (11) | Bayern München II | 16 | 4 | 4 | 8 | 22:32 | -10 | 16 |
| 12. | (12) | 1. FC Schweinfurt 05 | 16 | 5 | 1 | 10 | 17:32 | -15 | 16 |
| 13. | (13) | FSV Frankfurt | 17 | 3 | 6 | 8 | 22:32 | -10 | 15 |
| 14. | (14) | SV Wehen | 16 | 3 | 5 | 8 | 13:28 | -15 | 14 |
| 15. | (15) | TSF Ditzingen | 16 | 2 | 5 | 9 | 14:30 | -16 | 11 |
| 16. | (16) | Borussia Fulda | 16 | 1 | 7 | 8 | 20:36 | -16 | 10 |
| 17. | (17) | Quelle Fürth (N) | 17 | 1 | 4 | 12 | 10:41 | -31 | 7 |
| 18. | (18) | SV Lohhof (N) | 16 | 0 | 2 | 14 | 12:49 | -37 | 2 |
Der Tabellenerste steigt direkt in die 2. Bundesliga auf, der Zweite kommt in die Aufstiegsrunde. Bis Rang elf qualifizieren sich die Teams für die zweigleisige Regionalliga. Der Tabellenzwölfte muss in die Relegation.
Der FC Augsburg erhält keine Regionalliga-Lizenz für die Saison 2000/01 und steht damit als Absteiger fest. Die 2. Mannschaft des Karlsruher SC muss wegen des Zweitligaabstiegs des KSC in die Oberliga.
Die Partie FSV Frankfurt - VfB Stuttgart Am. (34. Spieltag; 1:0) wurde mit 0:2 gewertet, da Frankfurt einen nicht auf dem Spielberichtsbogen aufgelisteten Akteur eingesetzt hatte.
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