| Heimtabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | SSV Reutlingen 05 | 16 | 15 | 1 | 0 | 54:12 | 42 | 46 |
| 2. | (3) | SC Pfullendorf | 16 | 11 | 4 | 1 | 29:11 | 18 | 37 |
| 3. | (2) | VfR Mannheim | 16 | 11 | 3 | 2 | 36:20 | 16 | 36 |
| 4. | (4) | VfB Stuttgart II | 16 | 8 | 6 | 2 | 26:13 | 13 | 30 |
| 5. | (6) | Wacker Burghausen | 16 | 9 | 3 | 4 | 27:16 | 11 | 30 |
| 6. | (5) | Bayern München II | 16 | 9 | 2 | 5 | 38:26 | 12 | 29 |
| 7. | (9) | 1860 München II | 16 | 7 | 7 | 2 | 27:17 | 10 | 28 |
| 8. | (10) | Quelle Fürth (N) | 16 | 7 | 7 | 2 | 27:23 | 4 | 28 |
| 9. | (7) | FC Augsburg | 16 | 7 | 5 | 4 | 27:19 | 8 | 26 |
| 10. | (8) | FSV Frankfurt | 16 | 7 | 5 | 4 | 26:23 | 3 | 26 |
| 11. | (11) | SV Darmstadt 98 (N) | 16 | 6 | 7 | 3 | 21:18 | 3 | 25 |
| 12. | (12) | SV Wehen | 16 | 6 | 5 | 5 | 28:22 | 6 | 23 |
| 13. | (13) | 1. FC Schweinfurt 05 | 16 | 7 | 2 | 7 | 25:20 | 5 | 23 |
| 14. | (14) | VfR Aalen (N) | 16 | 5 | 7 | 4 | 28:21 | 7 | 22 |
| 15. | (15) | Borussia Fulda | 16 | 5 | 5 | 6 | 18:18 | 0 | 20 |
| 16. | (16) | TSF Ditzingen | 16 | 4 | 7 | 5 | 26:23 | 3 | 19 |
| 17. | (17) | Karlsruher SC II | 16 | 4 | 6 | 6 | 26:26 | 0 | 18 |
| 18. | (18) | SV Lohhof (N) | 16 | 2 | 2 | 12 | 15:45 | -30 | 8 |
Der Tabellenerste steigt direkt in die 2. Bundesliga auf, der Zweite kommt in die Aufstiegsrunde. Bis Rang elf qualifizieren sich die Teams für die zweigleisige Regionalliga. Der Tabellenzwölfte muss in die Relegation.
Der FC Augsburg erhält keine Regionalliga-Lizenz für die Saison 2000/01 und steht damit als Absteiger fest. Die 2. Mannschaft des Karlsruher SC muss wegen des Zweitligaabstiegs des KSC in die Oberliga.
Die Partie FSV Frankfurt - VfB Stuttgart Am. (34. Spieltag; 1:0) wurde mit 0:2 gewertet, da Frankfurt einen nicht auf dem Spielberichtsbogen aufgelisteten Akteur eingesetzt hatte.
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