32. Spieltag
14.05.1999	SV Elversberg	FC 08 Homburg	0:0 (0:0)
16.05.1999	Borussia Dortmund II	1. FC Kaiserslautern II	1:1 (1:1)
16.05.1999	Preußen Münster	FSV Salmrohr	2:4 (2:1)
16.05.1999	SpVgg Erkenschwick	Alemannia Aachen	0:2 (0:1)
16.05.1999	Wuppertaler SV	FC Remscheid	5:3 (1:2)
16.05.1999	LR Ahlen	Sportfreunde Siegen	0:1 (0:0)
16.05.1999	Eintracht Trier	SC Paderborn 07	5:0 (1:0)
16.05.1999	SC Verl	Bayer 04 Leverkusen II	1:2 (1:0)
Spielfrei: 1. FC Saarbrücken

			Gesamt
Pl.	Pl.	Verein	Sp.	Ge	Un	Ve	Tore	Diff	Pkte
1.	(1)	Alemannia Aachen	30	19	4	7	53:35	18	61
2.	(3)	Sportfreunde Siegen	30	15	9	6	46:20	26	54
3.	(4)	Eintracht Trier	30	16	6	8	56:36	20	54
4.	(2)	1. FC Saarbrücken	30	15	7	8	51:34	17	52
5.	(5)	Preußen Münster	30	13	10	7	52:34	18	49
6.	(6)	SC Paderborn 07	30	14	7	9	48:37	11	49
7.	(7)	LR Ahlen	30	13	8	9	51:40	11	47
8.	(8)	SC Verl	31	13	8	10	54:52	2	47
9.	(9)	Bayer 04 Leverkusen II	30	12	9	9	53:45	8	45
10.	(10)	1. FC Kaiserslautern II	31	10	12	9	59:47	12	42
11.	(11)	SV Elversberg	30	8	12	10	31:36	-5	36
12.	(12)	Borussia Dortmund II	30	7	9	14	43:54	-11	30
13.	(13)	FSV Salmrohr	30	7	5	18	35:54	-19	26
14.	(14)	SpVgg Erkenschwick	30	2	8	20	29:74	-45	14
15.	(15)	FC Remscheid	30	2	4	24	22:77	-55	10
16.	(16)	Wuppertaler SV	30	15	5	10	56:50	6	50
17.	(17)	FC 08 Homburg	30	8	11	11	28:42	-14	35

Der Tabellenerste steigt direkt in die 2. Bundesliga auf, der Zweite qualifiziert sich für die Aufstiegsrunde. Die letzten vier steigen in die Oberligen ab.
Der Wuppertaler SV und der FC Homburg erhalten für die Saison 1999/00 keine Regionalliga-Lizenz und stehen damit als Absteiger fest.
Die Partie FSV Salmrohr-FC Remscheid (8. Spieltag) wurde mit 2:0 gewertet, da Remscheid nicht antrat.

|Heimtabelle|Auswärtstabelle|Vorrunde|Rückrunde|vorheriger Spieltag|nächster Spieltag|alle Ergebnisse|Statistik|

33. Spieltag
22.05.1999	FC Remscheid	LR Ahlen	1:2 (0:1)
22.05.1999	FSV Salmrohr	SpVgg Erkenschwick	2:0 (1:0)
22.05.1999	Alemannia Aachen	Wuppertaler SV	3:1 (0:0)
23.05.1999	FC 08 Homburg	Preußen Münster	0:6 (0:3)
24.05.1999	Bayer 04 Leverkusen II	SV Elversberg	3:0 (1:0)
24.05.1999	1. FC Kaiserslautern II	1. FC Saarbrücken	3:1 (2:0)
24.05.1999	SC Paderborn 07	Borussia Dortmund II	2:1 (0:0)
24.05.1999	Sportfreunde Siegen	Eintracht Trier	1:2 (0:0)
Spielfrei: SC Verl

34. Spieltag
30.05.1999	Preußen Münster	Bayer 04 Leverkusen II	2:2 (1:1)
30.05.1999	SpVgg Erkenschwick	FC 08 Homburg	1:1 (1:0)
30.05.1999	Wuppertaler SV	FSV Salmrohr	5:1 (3:0)
30.05.1999	LR Ahlen	Alemannia Aachen	2:0 (2:0)
30.05.1999	Eintracht Trier	FC Remscheid	4:0 (2:0)
30.05.1999	Borussia Dortmund II	Sportfreunde Siegen	2:1 (0:1)
30.05.1999	1. FC Saarbrücken	SC Paderborn 07	1:1 (1:1)
30.05.1999	SV Elversberg	SC Verl	4:1 (2:1)
Spielfrei: 1. FC Kaiserslautern II