31. Spieltag
07.05.1999	Alemannia Aachen	Preußen Münster	1:0 (1:0)
08.05.1999	1. FC Saarbrücken	Borussia Dortmund II	1:2 (0:1)
09.05.1999	FSV Salmrohr	SV Elversberg	1:2 (1:1)
09.05.1999	1. FC Kaiserslautern II	Eintracht Trier	3:0 (1:0)
09.05.1999	SC Paderborn 07	LR Ahlen	0:2 (0:0)
09.05.1999	Sportfreunde Siegen	Wuppertaler SV	0:0 (0:0)
09.05.1999	FC Remscheid	SpVgg Erkenschwick	1:1 (1:1)
09.05.1999	FC 08 Homburg	SC Verl	1:1 (1:0)
Spielfrei: Bayer 04 Leverkusen II

			Gesamt
Pl.	Pl.	Verein	Sp.	Ge	Un	Ve	Tore	Diff	Pkte
1.	(1)	Alemannia Aachen	29	18	4	7	51:35	16	58
2.	(2)	1. FC Saarbrücken	30	15	7	8	51:34	17	52
3.	(4)	Sportfreunde Siegen	29	14	9	6	45:20	25	51
4.	(3)	Eintracht Trier	29	15	6	8	51:36	15	51
5.	(5)	Preußen Münster	29	13	10	6	50:30	20	49
6.	(6)	SC Paderborn 07	29	14	7	8	48:32	16	49
7.	(8)	LR Ahlen	29	13	8	8	51:39	12	47
8.	(7)	SC Verl	30	13	8	9	53:50	3	47
9.	(9)	Bayer 04 Leverkusen II	29	11	9	9	51:44	7	42
10.	(10)	1. FC Kaiserslautern II	30	10	11	9	58:46	12	41
11.	(11)	SV Elversberg	29	8	11	10	31:36	-5	35
12.	(12)	Borussia Dortmund II	29	7	8	14	42:53	-11	29
13.	(13)	FSV Salmrohr	29	6	5	18	31:52	-21	23
14.	(14)	SpVgg Erkenschwick	29	2	8	19	29:72	-43	14
15.	(15)	FC Remscheid	29	2	4	23	19:72	-53	10
16.	(16)	Wuppertaler SV	29	14	5	10	51:47	4	47
17.	(17)	FC 08 Homburg	29	8	10	11	28:42	-14	34

Der Tabellenerste steigt direkt in die 2. Bundesliga auf, der Zweite qualifiziert sich für die Aufstiegsrunde. Die letzten vier steigen in die Oberligen ab.
Der Wuppertaler SV und der FC Homburg erhalten für die Saison 1999/00 keine Regionalliga-Lizenz und stehen damit als Absteiger fest.
Die Partie FSV Salmrohr-FC Remscheid (8. Spieltag) wurde mit 2:0 gewertet, da Remscheid nicht antrat.

|Heimtabelle|Auswärtstabelle|Vorrunde|Rückrunde|vorheriger Spieltag|nächster Spieltag|alle Ergebnisse|Statistik|

32. Spieltag
14.05.1999	SV Elversberg	FC 08 Homburg	0:0 (0:0)
16.05.1999	Borussia Dortmund II	1. FC Kaiserslautern II	1:1 (1:1)
16.05.1999	Preußen Münster	FSV Salmrohr	2:4 (2:1)
16.05.1999	SpVgg Erkenschwick	Alemannia Aachen	0:2 (0:1)
16.05.1999	Wuppertaler SV	FC Remscheid	5:3 (1:2)
16.05.1999	LR Ahlen	Sportfreunde Siegen	0:1 (0:0)
16.05.1999	Eintracht Trier	SC Paderborn 07	5:0 (1:0)
16.05.1999	SC Verl	Bayer 04 Leverkusen II	1:2 (1:0)
Spielfrei: 1. FC Saarbrücken

33. Spieltag
22.05.1999	FC Remscheid	LR Ahlen	1:2 (0:1)
22.05.1999	FSV Salmrohr	SpVgg Erkenschwick	2:0 (1:0)
22.05.1999	Alemannia Aachen	Wuppertaler SV	3:1 (0:0)
23.05.1999	FC 08 Homburg	Preußen Münster	0:6 (0:3)
24.05.1999	Bayer 04 Leverkusen II	SV Elversberg	3:0 (1:0)
24.05.1999	1. FC Kaiserslautern II	1. FC Saarbrücken	3:1 (2:0)
24.05.1999	SC Paderborn 07	Borussia Dortmund II	2:1 (0:0)
24.05.1999	Sportfreunde Siegen	Eintracht Trier	1:2 (0:0)
Spielfrei: SC Verl