| Regionalliga Süd 2000/01 |
| 1. | Karlsruher SC (A) | 34 | 17 | 10 | 7 | 48:25 | 61 |
| 2. | VfB Stuttgart II | 34 | 16 | 10 | 8 | 57:38 | 58 |
| 3. | 1. FC Schweinfurt 05 | 34 | 16 | 9 | 9 | 57:43 | 57 |
| 4. | Eintracht Trier | 34 | 16 | 9 | 9 | 48:34 | 57 |
| 5. | SV Darmstadt 98 | 34 | 15 | 8 | 11 | 46:39 | 53 |
| 6. | Sportfreunde Siegen | 34 | 14 | 8 | 12 | 45:45 | 50 |
| 7. | VfR Aalen | 34 | 12 | 13 | 9 | 45:37 | 49 |
| 8. | VfR Mannheim | 34 | 12 | 9 | 13 | 50:45 | 45 |
| 9. | Bayern München II | 34 | 12 | 8 | 14 | 52:55 | 44 |
| 10. | Kickers Offenbach (A) | 34 | 11 | 11 | 12 | 39:43 | 44 |
| 11. | SV Wehen | 34 | 12 | 8 | 14 | 41:49 | 44 |
| 12. | Jahn Regensburg (N) | 34 | 12 | 7 | 15 | 57:62 | 43 |
| 13. | Wacker Burghausen | 34 | 10 | 13 | 11 | 46:52 | 43 |
| 14. | SV Elversberg | 34 | 11 | 10 | 13 | 40:58 | 43 |
| 15. | Rot Weiß Erfurt | 34 | 10 | 9 | 15 | 40:47 | 39 |
| 16. | 1860 München II | 34 | 8 | 13 | 13 | 49:63 | 37 |
| 17. | SC Pfullendorf | 34 | 9 | 9 | 16 | 42:49 | 36 |
| 18. | Carl Zeiss Jena | 34 | 7 | 8 | 19 | 39:57 | 29 |
Absteiger aus der 2.Bundesliga:
SSV Ulm 1846 (Lizenz für Regionalliga nicht erteilt)
Stuttgarter Kickers
Aufsteiger in die Regionalliga Süd:
TSG Hoffenheim (Oberliga Baden-Württemberg)
1.FC Kaiserslautern Am. (Süd-West)
SpVgg Ansbach (Oberliga Bayern)
Borussia Fulda (Oberliga Hessen)
| Regionalliga Süd 2001/02 |
| 1. | Wacker Burghausen | 34 | 19 | 10 | 5 | 49:22 | 67 |
| 2. | Eintracht Trier | 34 | 16 | 11 | 7 | 51:34 | 59 |
| 3. | Jahn Regensburg | 34 | 17 | 7 | 10 | 57:40 | 58 |
| 4. | VfR Aalen | 34 | 17 | 5 | 12 | 67:60 | 56 |
| 5. | Rot Weiß Erfurt | 34 | 15 | 9 | 10 | 47:31 | 54 |
| 6. | SV Wehen | 34 | 14 | 12 | 8 | 50:45 | 54 |
| 7. | Sportfreunde Siegen | 34 | 14 | 10 | 10 | 49:37 | 52 |
| 8. | Kickers Offenbach | 34 | 14 | 8 | 12 | 42:37 | 50 |
| 9. | VfR Mannheim * | 34 | 12 | 13 | 9 | 47:42 | 49 |
| 10. | Bayern München II | 34 | 13 | 9 | 12 | 58:51 | 48 |
| 11. | SV Elversberg | 34 | 14 | 6 | 14 | 41:41 | 48 |
| 12. | Stuttgarter Kickers (A) | 34 | 10 | 14 | 10 | 42:45 | 44 |
| 13. | 1899 Hoffenheim (N) | 34 | 11 | 9 | 14 | 53:49 | 42 |
| 14. | SV Darmstadt 98 | 34 | 10 | 12 | 12 | 43:45 | 42 |
| 15. | 1. FC Kaiserslautern II (N) | 34 | 9 | 7 | 18 | 41:60 | 34 |
| 16. | VfB Stuttgart II | 34 | 8 | 7 | 19 | 43:58 | 31 |
| 17. | SpVgg Ansbach (N) | 34 | 7 | 7 | 20 | 27:66 | 28 |
| 18. | Borussia Fulda (N) | 34 | 2 | 12 | 20 | 23:67 | 18 |
* VfR Mannheim (keine Lizenz, dadurch bleibt 1.FC Kaiserslautern Am. in der Regionnalliga)
Absteiger aus der 2.Bundesliga:
SpVgg Unterhaching
FC Schweinfurt 05
1.FC Saarbrücken
SV Babelsberg
Aufsteiger in die Regionalliga Süd:
SC Pfullendorf (Baden-Württemberg)
FC Augsburg (Bayern)
Borussia Neunkirchen (Süd-West)
Eintracht Frankfurt Am. (Hessen)
| Regionalliga Süd 2002/03 |
| 1. | SpVgg Unterhaching (A) | 36 | 22 | 7 | 7 | 75:34 | 73 |
| 2. | Jahn Regensburg | 36 | 22 | 7 | 7 | 66:25 | 73 |
| 3. | FC Augsburg (N) | 36 | 17 | 8 | 11 | 55:39 | 59 |
| 4. | Bayern München II | 36 | 16 | 9 | 11 | 51:35 | 57 |
| 5. | 1899 Hoffenheim | 36 | 15 | 10 | 11 | 60:44 | 55 |
| 6. | 1. FC Saarbrücken (A) | 36 | 15 | 12 | 9 | 43:38 | 53 |
| 7. | SV Wehen | 36 | 13 | 11 | 12 | 52:47 | 50 |
| 8. | Kickers Offenbach | 36 | 11 | 17 | 8 | 42:38 | 50 |
| 9. | Rot Weiß Erfurt | 36 | 12 | 14 | 10 | 44:44 | 50 |
| 10. | VfR Aalen | 36 | 14 | 6 | 16 | 48:55 | 47 |
| 11. | SC Pfullendorf (N) | 36 | 13 | 8 | 15 | 51:61 | 47 |
| 12. | 1. FC Schweinfurt 05 (A) | 36 | 13 | 6 | 17 | 56:54 | 45 |
| 13. | 1. FC Kaiserslautern II | 36 | 11 | 12 | 13 | 43:47 | 45 |
| 14. | SV Elversberg | 36 | 13 | 6 | 17 | 38:51 | 45 |
| 15. | Stuttgarter Kickers | 36 | 11 | 12 | 13 | 40:54 | 45 |
| 16. | Sportfreunde Siegen | 36 | 11 | 10 | 15 | 47:55 | 43 |
| 17. | SV Darmstadt 98 | 36 | 11 | 9 | 16 | 42:53 | 42 |
| 18. | Eintracht Frankfurt II (N) | 36 | 7 | 11 | 18 | 36:64 | 32 |
| 19. | Borussia Neunkirchen (N) | 36 | 3 | 9 | 24 | 23:74 | 18 |
VfR Aalen ein Punkt Abzug wegen Lizenzvergehen in der letzten Saison.
1.FC Saarbrücken vier Punkte Abzug wegen Verstoesse gegen die Lizenzbedingungen
Absteiger aus der 2.Bundesliga:
Eintracht Braunschweig
SSV Reutlingen (keine Lizenz für die Regionalliga)
FC St.Pauli
SV Waldhof (keine Lizenz für die Regionalliga)
damit bleiben die Stuttgarter Kickers und SF Siegen in der Regionalliga
Aufsteiger in die Regionalliga Süd:
VfB Stuttgart Am. (Baden-Württemberg)
1.SC Feucht (Bayern)
FSV Mainz 05 Am. (Süd-West)
1.FC Eschborn (Hessen)
| Regionalliga Süd 2003/04 |
| 1. | Bayern München II | 34 | 17 | 13 | 4 | 71:33 | 64 |
| 2. | Rot Weiß Erfurt | 34 | 15 | 10 | 9 | 52:39 | 55 |
| 3. | 1. FC Saarbrücken | 34 | 13 | 14 | 7 | 53:44 | 53 |
| 4. | FC Augsburg | 34 | 15 | 7 | 12 | 57:41 | 52 |
| 5. | 1899 Hoffenheim | 34 | 15 | 7 | 12 | 54:58 | 52 |
| 6. | VfR Aalen | 34 | 14 | 9 | 11 | 61:63 | 51 |
| 7. | SV Wehen | 34 | 12 | 13 | 9 | 47:47 | 49 |
| 8. | 1. SC Feucht (N) | 34 | 12 | 12 | 10 | 62:51 | 48 |
| 9. | Stuttgarter Kickers | 34 | 13 | 8 | 13 | 47:43 | 47 |
| 10. | SC Pfullendorf | 34 | 13 | 7 | 14 | 45:48 | 46 |
| 11. | VfB Stuttgart II (N) | 34 | 13 | 5 | 16 | 44:40 | 44 |
| 12. | SV Elversberg | 34 | 11 | 11 | 12 | 41:47 | 44 |
| 13. | Kickers Offenbach | 34 | 11 | 10 | 13 | 47:53 | 43 |
| 14. | 1. FSV Mainz 05 II (N) | 34 | 11 | 9 | 14 | 40:48 | 42 |
| 15. | 1. FC Schweinfurt 05 * | 34 | 10 | 11 | 13 | 53:58 | 41 |
| 16. | Sportfreunde Siegen * | 34 | 10 | 7 | 17 | 53:63 | 37 |
| 17. | 1. FC Eschborn (N) | 34 | 8 | 9 | 17 | 47:74 | 33 |
| 18. | 1. FC Kaiserslautern II | 34 | 8 | 8 | 18 | 43:67 | 32 |
SF Siegen verbleibt in der Regionalliga, da Schweinfurt 05 keine Lizenz erhält
Absteiger aus der 2.Bundesliga:
VfB Lübeck
Jahn Regensburg
Union Berlin
VfL Osnabrück
Aufsteiger in die Regionalliga Süd:
FC Nöttingen (Baden-Württemberg)
TSV 1860 München Am. (Bayern)
TuS Koblenz (Süd-West)
SV Darmstadt 98 (Hessen)
| Regionalliga Süd 2004/05 |
| 1. | Kickers Offenbach | 34 | 21 | 4 | 9 | 62:36 | 67 |
| 2. | SF Siegen | 34 | 18 | 10 | 6 | 52:29 | 64 |
| 3. | SV Wehen | 34 | 19 | 6 | 9 | 55:38 | 63 |
| 4. | FC Augsburg | 34 | 17 | 10 | 7 | 62:36 | 61 |
| 5. | SV Darmstadt 98 (N) | 34 | 16 | 6 | 12 | 50:33 | 54 |
| 6. | Bayern München II | 34 | 14 | 10 | 10 | 51:38 | 52 |
| 7. | TSG Hoffenheim | 34 | 14 | 8 | 12 | 57:49 | 50 |
| 8. | SSV Jahn Regensburg (A) | 34 | 13 | 9 | 12 | 47:46 | 48 |
| 9. | Stuttgarter Kickers | 34 | 12 | 11 | 11 | 48:43 | 47 |
| 10. | SV Elversberg | 34 | 11 | 11 | 12 | 45:55 | 44 |
| 11. | TuS Koblenz (N) | 34 | 10 | 13 | 11 | 43:38 | 43 |
| 12. | VfR Aalen | 34 | 12 | 7 | 15 | 41:59 | 43 |
| 13. | VfB Stuttgart II | 34 | 11 | 9 | 14 | 55:57 | 42 |
| 14. | 1.SC Feucht | 34 | 12 | 6 | 16 | 42:49 | 42 |
| 15. | TSV 1860 München II (N) | 34 | 11 | 7 | 16 | 39:44 | 40 |
| 16. | SC Pfullendorf | 34 | 11 | 3 | 20 | 36:64 | 36 |
| 17. | FSV Mainz 05 II | 34 | 8 | 9 | 17 | 29:46 | 33 |
| 18. | FC Nöttingen (N) | 34 | 3 | 7 | 24 | 29:83 | 16 |
Der 1.SC Feucht beantragt keine Regionalliga-Zulassung für die Saison 2005/06 und steht damit als Absteiger fest.
Aufsteiger in die 2.Bundesliga:
Kickers Offenbach
SF Siegen
Absteiger aus der 2.Bundesliga:
Eintracht Trier
RW Essen
RW Oberhausen
RW Erfurt
Aufsteiger in die Regionalliga Süd:
Karlsruher SC Am. (Baden-Württemberg)
SpVgg Bayreuth (Bayern)
1.FC Eschborn (Hessen)
VfB Bor. Neunkirchen (Süd-West)
| Regionalliga Süd 2005/06 |
| 1. | FC Augsburg | 34 | 23 | 7 | 4 | 73:26 | 76 |
| 2. | TuS Koblenz | 34 | 18 | 12 | 4 | 55:31 | 66 |
| 3. | SV Wehen | 34 | 17 | 6 | 11 | 63:46 | 57 |
| 4. | TSG Hoffenheim | 34 | 17 | 5 | 12 | 47:34 | 56 |
| 5. | SV Darmstadt 98 | 34 | 16 | 6 | 12 | 57:44 | 54 |
| 6. | VfR Aalen | 34 | 15 | 9 | 10 | 43:33 | 54 |
| 7. | VfB Stuttgart II | 34 | 14 | 11 | 9 | 50:43 | 53 |
| 8. | Stuttgarter Kickers | 34 | 12 | 12 | 10 | 46:39 | 48 |
| 9. | SV Elversberg | 34 | 12 | 12 | 10 | 40:37 | 48 |
| 10. | SpVgg Bayreuth (N) * | 34 | 11 | 13 | 10 | 51:54 | 46 |
| 11. | Karlsruher SC II (N) | 34 | 12 | 6 | 16 | 41:51 | 42 |
| 12. | Bayern München II | 34 | 11 | 9 | 14 | 34:44 | 42 |
| 13. | 1.FC Kaiserslautern II (N) | 34 | 12 | 5 | 17 | 39:44 | 41 |
| 14. | SC Pfullendorf | 34 | 10 | 10 | 14 | 30:34 | 40 |
| 15. | TSV 1860 München II | 34 | 9 | 10 | 15 | 39:51 | 37 |
| 16. | Eintracht Trier (A) | 34 | 9 | 9 | 16 | 41:58 | 36 |
| 17. | SSV Jahn Regensburg | 34 | 7 | 11 | 16 | 37:48 | 32 |
| 18. | 1.FC Eschborn (N) | 34 | 1 | 7 | 26 | 15:84 | 10 |
* SpVgg Bayreuth (keine Lizenz, damit bleibt der TSV 1860 München II in der Liga)
Absteiger aus der 2.Bundesliga:
Dynamo Dresden
1.FC Saarbrücken
LR Ahlen
SF Siegen
Aufsteiger in die Regionalliga Süd:
SSV Reutlingen (Baden-Württemberg)
FC Ingolstadt 04 (Bayern)
KSV Hessen Kassel (Hessen)
FK 03 Pirmasens (Südwest)
| Regionalliga Süd 2006/07 |
| 1. | SV Wehen | 34 | 21 | 9 | 4 | 58:25 | 72 |
| 2. | TSG Hoffenheim | 34 | 20 | 8 | 6 | 62:31 | 68 |
| 3. | VfB Stuttgart II | 34 | 15 | 8 | 11 | 47:42 | 53 |
| 4. | Stuttgarter Kickers | 34 | 14 | 9 | 11 | 51:41 | 51 |
| 5. | FC Ingolstadt 04 (N) | 34 | 13 | 12 | 9 | 45:39 | 51 |
| 6. | VfR Aalen | 34 | 12 | 13 | 9 | 51:46 | 49 |
| 7. | SC Pfullendorf | 34 | 13 | 8 | 13 | 45:46 | 47 |
| 8. | Bayern München II | 34 | 11 | 13 | 10 | 41:37 | 46 |
| 9. | SV Elversberg | 34 | 12 | 10 | 12 | 51:54 | 46 |
| 10. | KSV Hessen Kassel (N) | 34 | 13 | 7 | 14 | 45:56 | 46 |
| 11. | SSV Reutlingen (N) | 34 | 10 | 15 | 9 | 31:37 | 45 |
| 12. | SF Siegen (A) | 34 | 12 | 8 | 14 | 53:49 | 44 |
| 13. | TSV 1860 München II | 34 | 9 | 16 | 9 | 54:47 | 43 |
| 14. | Karlsruher SC II | 34 | 10 | 13 | 11 | 44:44 | 43 |
| 15. | 1.FC Saarbrücken (A) | 34 | 10 | 12 | 12 | 52:50 | 42 |
| 16. | SV Darmstadt 98 | 34 | 11 | 6 | 17 | 47:59 | 39 |
| 17. | FK Pirmasens (N) | 34 | 8 | 7 | 19 | 31:61 | 31 |
| 18. | 1.FC Kaiserslautern II | 34 | 10 | 24 | 19:63 | 10 |
Absteiger aus der 2.Bundesliga:
RW Essen
SpVgg Unterhaching
Wacker Burghausen
Eintracht Braunschweig
Aufsteiger in die Regionalliga Süd:
SV Sandhausen (Baden-Württemberg)
Jahn Regensburg (Bayern)
FSV Frankfurt (Hessen)
FSV Oggersheim (Südwest)
| Regionalliga Süd 2007/08 |
| 1. | FSV Frankfurt (N) | 34 | 17 | 11 | 6 | 56:31 | 62 |
| 2. | FC Ingolstadt 04 | 34 | 18 | 8 | 8 | 50:36 | 62 |
| 3. | VfB Stuttgart II | 34 | 17 | 8 | 9 | 52:30 | 59 |
| 4. | VfR Aalen | 34 | 16 | 9 | 9 | 64:45 | 57 |
| 5. | SV Sandhausen (N) | 34 | 17 | 6 | 11 | 48:38 | 57 |
| 6. | SpVgg Unterhaching (A) | 34 | 15 | 9 | 10 | 54:44 | 54 |
| 7. | Wacker Burghausen (A) | 34 | 12 | 13 | 9 | 35:37 | 49 |
| 8. | Bayern München II | 34 | 12 | 11 | 11 | 53:41 | 47 |
| 9. | SSV Jahn Regensburg (N) | 34 | 14 | 5 | 15 | 40:47 | 47 |
| 10. | Stuttgarter Kickers | 34 | 11 | 12 | 11 | 38:35 | 45 |
| 11. | SF Siegen | 34 | 10 | 15 | 9 | 35:37 | 45 |
| 12. | SSV Reutlingen | 34 | 10 | 14 | 10 | 45:46 | 44 |
| 13. | TSV 1860 München II | 34 | 12 | 6 | 16 | 40:44 | 42 |
| 14. | KSV Hessen Kassel | 34 | 8 | 14 | 12 | 51:57 | 38 |
| 15. | SV Elversberg | 34 | 10 | 8 | 16 | 35:52 | 38 |
| 16. | Karlsruher SC II | 34 | 8 | 13 | 13 | 33:45 | 37 |
| 17. | SC Pfullendorf | 34 | 8 | 10 | 16 | 33:41 | 34 |
| 18. | FSV Oggersheim (N) | 34 | 2 | 6 | 26 | 17:73 | 12 |
Qualifikation für die 3 .Bundesliga:
VfB Stuttgart II, VfR Aalen, SV Sandhausen, SpVgg Unterhaching, Wacker Burghausen,
SSV Jahn Regensburg, Bayern München II, Stuttgarter Kickers