Nicht nur Treibstoff- und Transportmittelmangel erschwerten den Spielbetrieb, sondern in zunehmenden Maße auch die immer häufigeren und schwerer werdenden Bombenangriffe der Alliierten, die nicht nur die Infrastruktur immer stärker schädigten, sondern auch wegen Bombenalarms so manchen Spielabbruch erzwangen. Hinzu kam nun auch bei den erstklassigen Vereinen ein immer stärkerer Spielermangel, woraufhin immer mehr Vereine sich zu sogenannten Kriegssportgemeinschaften (KSG) zusammenschlossen, um ein spielfähiges Team zusammen zu bekommen.
Dafür wurde die sportliche Bedeutung der militärischen Sportvereine, wie die Luftwaffen-, Wehrmachts- und Heeressportvereine immer größer; sie profitierten von der Einberufung guter Spieler, die an ihren jeweiligen Standorten nun den Militärvereinen vor Ort zur Verfügung standen. Allerdings waren diese Vereine dann sehr stark von Truppenverlegungen betroffen, die zu sehr großen Leistungsschwankungen führten oder gar den Rückzug aus der laufenden Saison erforderlich machten.
Die Schwierigkeiten im Transportwesen führten zu einer weiteren Aufteilung der Sportbereiche; so wurde der Bereich Nordmark in die 3 Gaue Hamburg, Schleswig-Holstein und Mecklenburg aufgeteilt, der Bereich Niedersachsen in die Gaue Weser-Ems und Südhannover-Braunschweig. Auch der Sportbereich Bayern wurde in einen nördlichen und einen südlichen Bereich aufgegliedert. Damit stieg die Zahl der Endrundenteilnehmer auf 29.
Zum ersten Mal deutscher Meister wurde der Dresdner SC. Nach der Vizemeisterschaft von 1940 und den zwei Pokalerfolgen gelang nun auch der Gewinn der Meisterschaft. Der Finalgegner kam zum ersten Mal aus dem äußesten Südwesten des Reiches, aus dem Saargebiet; der FV Saarbrücken, der Vorläuferverein des heutigen 1. FCS, hatte dabei im Halbfinale den großen Favoriten Vienna Wien, den amtierenden Vizemeister, ausgeschaltet. Titelverteidiger FC Schalke 04 schied überraschend bereits im Viertelfinale aus; es war das schwächste Abschneiden der Gelsenkirchener seit 1931.
| VfB Königsberg | Meister der Sportbereichsklasse Ostpreußen |
| Luftwaffen-SV Pütnitz | Meister der Sportbereichsklasse Pommern |
| Berliner SV 92 | Meister der Sportbereichsklasse Berlin-Brandenburg |
| Germania Königshütte | Meister der Sportbereichsklasse Oberschlesien |
| Luftwaffen-SV Reinicke-Brieg | Meister der Sportbereichsklasse Niederschlesien |
| Dresdner SC | Meister der Sportbereichsklasse Sachsen |
| SV Dessau 05 | Meister der Sportbereichsklasse Mitte |
| SC Victoria Hamburg | Meister der Sportbereichsklasse Hamburg |
| SpVgg Wilhelmshaven | Meister der Sportbereichsklasse Weser-Ems |
| Eintracht Braunschweig | Meister der Sportbereichsklasse Südhannover-Braunschweig |
| FC Schalke 04 | Meister der Sportbereichsklasse Westfalen |
| Westende Hamborn | Meister der Sportbereichsklasse Niederrhein |
| SV Victoria 11 Köln | Meister der Sportbereichsklasse Köln-Aachen |
| Spielverein 06 Kassel | Meister der Sportbereichsklasse Kurhessen |
| TuS Neuendorf | Meister der Sportbereichsklasse Moselland |
| Kickers Offenbach | Meister der Sportbereichsklasse Hessen-Nassau |
| FV Saarbrücken | Meister der Sportbereichsklasse Westmark |
| VfR Mannheim | Meister der Sportbereichsklasse Baden |
| FC Mülhausen 93 | Meister der Sportbereichsklasse Elsass |
| VfB Stuttgart | Meister der Sportbereichsklasse Württemberg |
| 1. FC Nürnberg | Meister der Sportbereichsklasse Nordbayern |
| TSV 1860 München | Meister der Sportbereichsklasse Südbayern |
| Militär-SV Brünn | Meister der Sportbereichsklasse Sudetenland |
| First Vienna FC 1894 | Meister der Sportbereichsklasse Donau-Alpenland |
| SV Neufahrwasser | Meister der Sportbereichsklasse Danzig-Westpreußen |
| BSG DWM Posen | Meister der Sportbereichsklasse Wartheland |
| SG Ordnungspolizei Warschau | Vertreter der Sportbereichsklasse Generalgouvernement |
| Holstein Kiel | Sieger der Qualifikation Mecklenburg/Schleswig-Holstein |
| FC Holstein Kiel | Meister der Sportbereichsklasse Schleswig-Holstein |
| TSG Rostock | Meister der Sportbereichsklasse Mecklenburg |
11. April 1943 Holstein Kiel - TSG Rostock 4:0 (3:0) Kiel, Holstein-Stadion
18. April 1943 TSG Rostock - Holstein Kiel 1:1 (0:0) Rostock, TSG-Platz
VfB Stuttgart und die Stuttgarter Kickers beendeten die Saison punkt- und torgleich und wurden beide zu Meistern erklärt. Die Kickers verzichteten jedoch auf die Endrundenteilnahme. Im Generalgouvernement wurde LSV Adler Deblin Meister, welcher jedoch auf die Endrundenteilnahme verzichtete.
Per Freilos zogen Holstein Kiel, SpVgg Wilhelmshaven, Kickers Offenbach und Westende Hamborn ins Achtelfinale.
Wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Akteurs im Spiel gegen Neufahrwasser in der 1. Runde wurde der VfB Königsberg nachträglich ausgeschlossen, der ausgeschiedene SV Neufahrwasser nahm den Platz ein.