| Rückrundentabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | VfR Garching (N) | 16 | 10 | 4 | 2 | 32:11 | 21 | 34 |
| 2. | (3) | VfB Eichstätt | 16 | 10 | 2 | 4 | 26:16 | 10 | 32 |
| 3. | (2) | BC Aichach | 16 | 9 | 3 | 4 | 25:22 | 3 | 30 |
| 4. | (4) | FC Pipinsried | 16 | 8 | 4 | 4 | 32:16 | 16 | 28 |
| 5. | (5) | SV Pullach (N) | 16 | 6 | 6 | 4 | 24:19 | 5 | 24 |
| 6. | (8) | 1. FC Sonthofen | 16 | 6 | 5 | 5 | 21:19 | 2 | 23 |
| 7. | (9) | TSV Schwabmünchen | 16 | 6 | 5 | 5 | 22:22 | 0 | 23 |
| 8. | (6) | TSV Bogen (N) | 16 | 7 | 2 | 7 | 27:28 | -1 | 23 |
| 9. | (7) | FC Ismaning | 16 | 5 | 7 | 4 | 25:23 | 2 | 22 |
| 10. | (10) | SpVgg Landshut | 16 | 5 | 6 | 5 | 21:21 | 0 | 21 |
| 11. | (12) | SB DJK Rosenheim | 16 | 4 | 6 | 6 | 26:34 | -8 | 18 |
| 12. | (11) | SpVgg Hankofen-Hailing | 16 | 5 | 3 | 8 | 18:30 | -12 | 18 |
| 13. | (15) | SV Raisting (N) | 16 | 4 | 5 | 7 | 20:23 | -3 | 17 |
| 14. | (16) | Wacker Burghausen II | 16 | 3 | 7 | 6 | 23:22 | 1 | 16 |
| 15. | (17) | FC Unterföhring (N) | 16 | 4 | 4 | 8 | 17:18 | -1 | 16 |
| 16. | (13) | SpVgg Unterhaching II | 16 | 4 | 4 | 8 | 21:32 | -11 | 16 |
| 17. | (14) | FC Affing | 16 | 3 | 7 | 6 | 22:34 | -12 | 16 |
| 18. | (18) | BCF Wolfratshausen | 16 | 3 | 4 | 9 | 22:34 | -12 | 13 |
Der BC Aichach und Wacker Burghausen II ziehen ihre Bayernliga-Mannschaft nach der laufenden Saison aus dem Spielbetrieb zurück.
Beide Mannschaften werden unmittelbar nach dem letzten Spieltag an das Tabellenende der Bayernliga Süd gesetzt (17. Aichach; 18. Burghausen).
Dadurch gibt es aus der Bayernliga Süd in der aktuellen Spielzeit 2013/14 keinen Festabsteiger.
Das Spiel Wacker Burghausen II - FC Ismaning (21. Spieltag) wurde vom Sportgericht mit 2:0 für den FC Ismaning gewertet. Das ursprüngliche Ergebnis lautete 5:2.
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