| Vorrundentabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | BC Aichach | 17 | 13 | 2 | 2 | 46:26 | 20 | 41 |
| 2. | (2) | SV Pullach (N) | 17 | 10 | 5 | 2 | 35:14 | 21 | 35 |
| 3. | (3) | FC Pipinsried | 17 | 10 | 3 | 4 | 33:18 | 15 | 33 |
| 4. | (4) | VfR Garching (N) | 17 | 9 | 2 | 6 | 31:19 | 12 | 29 |
| 5. | (5) | SpVgg Unterhaching II | 17 | 9 | 2 | 6 | 34:28 | 6 | 29 |
| 6. | (6) | VfB Eichstätt | 17 | 7 | 6 | 4 | 22:18 | 4 | 27 |
| 7. | (7) | SpVgg Hankofen-Hailing | 17 | 8 | 3 | 6 | 26:27 | -1 | 27 |
| 8. | (8) | TSV Bogen (N) | 17 | 7 | 4 | 6 | 35:33 | 2 | 25 |
| 9. | (9) | SV Raisting (N) | 17 | 7 | 4 | 6 | 21:25 | -4 | 25 |
| 10. | (10) | FC Unterföhring (N) | 17 | 6 | 6 | 5 | 35:25 | 10 | 24 |
| 11. | (11) | TSV Schwabmünchen | 17 | 6 | 4 | 7 | 24:24 | 0 | 22 |
| 12. | (12) | SB DJK Rosenheim | 17 | 6 | 2 | 9 | 21:28 | -7 | 20 |
| 13. | (13) | BCF Wolfratshausen | 17 | 6 | 2 | 9 | 21:32 | -11 | 20 |
| 14. | (14) | Wacker Burghausen II | 17 | 4 | 5 | 8 | 27:36 | -9 | 17 |
| 15. | (15) | SpVgg Landshut | 17 | 5 | 2 | 10 | 21:34 | -13 | 17 |
| 16. | (16) | 1. FC Sonthofen | 17 | 3 | 6 | 8 | 27:32 | -5 | 15 |
| 17. | (17) | FC Affing | 17 | 4 | 2 | 11 | 23:43 | -20 | 14 |
| 18. | (18) | FC Ismaning | 17 | 1 | 4 | 12 | 14:34 | -20 | 7 |
Der BC Aichach und Wacker Burghausen II ziehen ihre Bayernliga-Mannschaft nach der laufenden Saison aus dem Spielbetrieb zurück.
Beide Mannschaften werden unmittelbar nach dem letzten Spieltag an das Tabellenende der Bayernliga Süd gesetzt (17. Aichach; 18. Burghausen).
Dadurch gibt es aus der Bayernliga Süd in der aktuellen Spielzeit 2013/14 keinen Festabsteiger.
Das Spiel Wacker Burghausen II - FC Ismaning (21. Spieltag) wurde vom Sportgericht mit 2:0 für den FC Ismaning gewertet. Das ursprüngliche Ergebnis lautete 5:2.
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