| Rückrundentabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | SSV Reutlingen 05 | 17 | 13 | 1 | 3 | 51:17 | 34 | 40 |
| 2. | (2) | Wacker Burghausen | 17 | 9 | 4 | 4 | 33:20 | 13 | 31 |
| 3. | (3) | SV Darmstadt 98 (N) | 17 | 7 | 7 | 3 | 24:19 | 5 | 28 |
| 4. | (4) | SC Pfullendorf | 17 | 8 | 3 | 6 | 24:21 | 3 | 27 |
| 5. | (6) | VfB Stuttgart II | 17 | 7 | 5 | 5 | 23:13 | 10 | 26 |
| 6. | (7) | Bayern München II | 17 | 8 | 2 | 7 | 31:26 | 5 | 26 |
| 7. | (8) | SV Wehen | 17 | 7 | 4 | 6 | 24:24 | 0 | 25 |
| 8. | (5) | FC Augsburg | 17 | 6 | 6 | 5 | 21:19 | 2 | 24 |
| 9. | (12) | VfR Mannheim | 17 | 5 | 8 | 4 | 33:34 | -1 | 23 |
| 10. | (13) | 1. FC Schweinfurt 05 | 17 | 7 | 2 | 8 | 21:23 | -2 | 23 |
| 11. | (9) | Quelle Fürth (N) | 17 | 6 | 4 | 7 | 21:34 | -13 | 22 |
| 12. | (10) | Karlsruher SC II | 17 | 4 | 9 | 4 | 28:28 | 0 | 21 |
| 13. | (15) | TSF Ditzingen | 17 | 5 | 6 | 6 | 24:24 | 0 | 21 |
| 14. | (11) | Borussia Fulda | 17 | 5 | 6 | 6 | 21:23 | -2 | 21 |
| 15. | (16) | VfR Aalen (N) | 17 | 5 | 5 | 7 | 18:25 | -7 | 20 |
| 16. | (14) | 1860 München II | 17 | 4 | 7 | 6 | 21:22 | -1 | 19 |
| 17. | (17) | FSV Frankfurt | 17 | 2 | 7 | 8 | 22:31 | -9 | 13 |
| 18. | (18) | SV Lohhof (N) | 17 | 1 | 2 | 14 | 19:56 | -37 | 5 |
Der Tabellenerste steigt direkt in die 2. Bundesliga auf, der Zweite kommt in die Aufstiegsrunde. Bis Rang elf qualifizieren sich die Teams für die zweigleisige Regionalliga. Der Tabellenzwölfte muss in die Relegation.
Der FC Augsburg erhält keine Regionalliga-Lizenz für die Saison 2000/01 und steht damit als Absteiger fest. Die 2. Mannschaft des Karlsruher SC muss wegen des Zweitligaabstiegs des KSC in die Oberliga.
Die Partie FSV Frankfurt - VfB Stuttgart Am. (34. Spieltag; 1:0) wurde mit 0:2 gewertet, da Frankfurt einen nicht auf dem Spielberichtsbogen aufgelisteten Akteur eingesetzt hatte.
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