| Rückrundentabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | SSV Reutlingen 05 | 16 | 12 | 1 | 3 | 45:14 | 31 | 37 |
| 2. | (2) | Wacker Burghausen | 16 | 8 | 4 | 4 | 28:20 | 8 | 28 |
| 3. | (4) | SV Darmstadt 98 (N) | 16 | 7 | 7 | 2 | 22:15 | 7 | 28 |
| 4. | (3) | SC Pfullendorf | 16 | 8 | 3 | 5 | 24:20 | 4 | 27 |
| 5. | (5) | FC Augsburg | 16 | 6 | 6 | 4 | 19:15 | 4 | 24 |
| 6. | (6) | VfB Stuttgart II | 16 | 6 | 5 | 5 | 21:13 | 8 | 23 |
| 7. | (9) | Bayern München II | 16 | 7 | 2 | 7 | 30:26 | 4 | 23 |
| 8. | (13) | SV Wehen | 16 | 6 | 4 | 6 | 22:23 | -1 | 22 |
| 9. | (7) | Quelle Fürth (N) | 16 | 6 | 4 | 6 | 18:28 | -10 | 22 |
| 10. | (8) | Karlsruher SC II | 16 | 4 | 9 | 3 | 27:26 | 1 | 21 |
| 11. | (10) | Borussia Fulda | 16 | 5 | 6 | 5 | 19:20 | -1 | 21 |
| 12. | (12) | VfR Mannheim | 16 | 4 | 8 | 4 | 30:32 | -2 | 20 |
| 13. | (14) | 1. FC Schweinfurt 05 | 16 | 6 | 2 | 8 | 17:21 | -4 | 20 |
| 14. | (11) | 1860 München II | 16 | 4 | 7 | 5 | 21:21 | 0 | 19 |
| 15. | (15) | TSF Ditzingen | 16 | 4 | 6 | 6 | 20:22 | -2 | 18 |
| 16. | (16) | VfR Aalen (N) | 16 | 4 | 5 | 7 | 17:25 | -8 | 17 |
| 17. | (17) | FSV Frankfurt | 16 | 2 | 7 | 7 | 22:29 | -7 | 13 |
| 18. | (18) | SV Lohhof (N) | 16 | 1 | 2 | 13 | 19:51 | -32 | 5 |
Der Tabellenerste steigt direkt in die 2. Bundesliga auf, der Zweite kommt in die Aufstiegsrunde. Bis Rang elf qualifizieren sich die Teams für die zweigleisige Regionalliga. Der Tabellenzwölfte muss in die Relegation.
Der FC Augsburg erhält keine Regionalliga-Lizenz für die Saison 2000/01 und steht damit als Absteiger fest. Die 2. Mannschaft des Karlsruher SC muss wegen des Zweitligaabstiegs des KSC in die Oberliga.
Die Partie FSV Frankfurt - VfB Stuttgart Am. (34. Spieltag; 1:0) wurde mit 0:2 gewertet, da Frankfurt einen nicht auf dem Spielberichtsbogen aufgelisteten Akteur eingesetzt hatte.
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