| Rückrundentabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | Alemannia Aachen | 15 | 12 | 0 | 3 | 25:12 | 13 | 36 |
| 2. | (2) | Eintracht Trier | 15 | 9 | 3 | 3 | 30:16 | 14 | 30 |
| 3. | (4) | 1. FC Kaiserslautern II | 16 | 8 | 5 | 3 | 34:15 | 19 | 29 |
| 4. | (3) | Sportfreunde Siegen | 15 | 8 | 3 | 4 | 22:12 | 10 | 27 |
| 5. | (5) | 1. FC Saarbrücken | 15 | 7 | 4 | 4 | 29:20 | 9 | 25 |
| 6. | (6) | Preußen Münster | 15 | 7 | 3 | 5 | 30:17 | 13 | 24 |
| 7. | (7) | LR Ahlen | 15 | 6 | 5 | 4 | 21:17 | 4 | 23 |
| 8. | (8) | SC Paderborn 07 | 15 | 6 | 4 | 5 | 19:21 | -2 | 22 |
| 9. | (11) | Bayer 04 Leverkusen II | 15 | 5 | 5 | 5 | 22:24 | -2 | 20 |
| 10. | (9) | SC Verl | 15 | 5 | 4 | 6 | 21:26 | -5 | 19 |
| 11. | (10) | SV Elversberg | 15 | 4 | 5 | 6 | 16:21 | -5 | 17 |
| 12. | (12) | Borussia Dortmund II | 15 | 4 | 4 | 7 | 22:21 | 1 | 16 |
| 13. | (13) | FSV Salmrohr | 15 | 5 | 1 | 9 | 21:27 | -6 | 16 |
| 14. | (15) | FC Remscheid | 15 | 1 | 1 | 13 | 9:36 | -27 | 4 |
| 15. | (14) | SpVgg Erkenschwick | 15 | 0 | 4 | 11 | 10:38 | -28 | 4 |
| 16. | (16) | Wuppertaler SV | 15 | 7 | 3 | 5 | 28:25 | 3 | 24 |
| 17. | (17) | FC 08 Homburg | 15 | 4 | 6 | 5 | 11:22 | -11 | 18 |
Der Tabellenerste steigt direkt in die 2. Bundesliga auf, der Zweite qualifiziert sich für die Aufstiegsrunde. Die letzten vier steigen in die Oberligen ab.
Der Wuppertaler SV und der FC Homburg erhalten für die Saison 1999/00 keine Regionalliga-Lizenz und stehen damit als Absteiger fest.
Die Partie FSV Salmrohr-FC Remscheid (8. Spieltag) wurde mit 2:0 gewertet, da Remscheid nicht antrat.
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