Zahlreiche Vereine mussten sich während der Saison vom Spielbetrieb zurückziehen, und viele Spiele wurden am grünen Tisch entschieden oder kamen nicht in die Wertung. In einigen Sportbereichen wurde die Ligabetrieb nicht vollständig zu Ende geführt, sondern abgebrochen, nachdem der Staffelsieger oder Gaumeister feststand.
Zur Erleichterung des Spielbetriebes spielte man in zahlreichen Sportbereichen in mehreren Regional-Staffeln, und es kam auch wieder zur Teilung von Sportbereichen. So wurde aus den Bereichen Südhannover-Braunschweig und Weser-Ems der neue Sportbereich Osthannover ausgegliedert, und der Sportbereich Sudetenland wurde in die Bereiche Sudetenland und Böhmen-Mähren geteilt. Damit erhöhte sich die Zahl der Sportbereiche auf 31.
Trotz aller Schwierigkeiten wurde die Meisterschaftssaison 1943/44 zu Ende gespielt, im Gegensatz zum 1944 angesetzten Pokalwettbewerb, der vor Beginn der Hauptrunde abgebrochen werden musste. Der Dresdener SC konnte in dieser letzten Kriegsmeisterschaft seinen Titel erfolgreich verteidigen. Im Finale besiegte er den Luftwaffen-Sportverein Hamburg klar mit 4:0.
Der Erfolg des LSV Hamburg war typisch für den Aufstieg der Militärvereine in diesen Jahren, die teilweise wie ein Phönix aus der Asche auftauchten. Als Gauliga-Neuling hatte der Verein sofort die Sportbereichsmeisterschaft gewonnen und stand dann 1943 im Pokalfinale und 1944 im Meisterschaftsfinale. Ebenfalls zu diesen Vereinen zählte der Heeres-Sport-Verein Groß Born aus Pommern. Der Verein, der durch Verlegung aus dem Verein HSV Hubertus Kolberg hervorgegangen war, durchbrach in seinem ersten Jahr nicht nur die Dominanz der Vereine aus Stolp und Stettin in Pommern, sondern drang bei der Meisterschaftsendrunde bis ins Halbfinale vor, soweit wie noch keine andere pommersche Mannschaft.
| VfB Königsberg | Meister der Sportbereichsklasse Ostpreußen |
| Heeres-SV Groß Born | Meister der Sportbereichsklasse Pommern |
| Hertha BSC | Meister der Sportbereichsklasse Berlin-Brandenburg |
| Germania Königshütte | Meister der Sportbereichsklasse Oberschlesien |
| STC Hirschberg | Meister der Sportbereichsklasse Niederschlesien |
| Dresdner SC | Meister der Sportbereichsklasse Sachsen |
| SV Dessau 05 | Meister der Sportbereichsklasse Mitte |
| Holstein Kiel | Meister der Sportbereichsklasse Schleswig-Holstein |
| Luftwaffen-SV Hamburg | Meister der Sportbereichsklasse Hamburg |
| Luftwaffen-SV Rerik | Meister der Sportbereichsklasse Mecklenburg |
| SpVgg Wilhelmshaven | Meister der Sportbereichsklasse Weser-Ems |
| Wehrmachts-SV Celle | Meister der Sportbereichsklasse Osthannover |
| Eintracht Braunschweig | Meister der Sportbereichsklasse Südhannover-Braunschweig |
| FC Schalke 04 | Meister der Sportbereichsklasse Westfalen |
| Kriegssportgemeinschaft SpV/48/99 Duisburg | Meister der Sportbereichsklasse Niederrhein |
| Kriegssportgemeinschaft VfL Köln/SpVgg Sülz | Meister der Sportbereichsklasse Köln-Aachen |
| Borussia Fulda | Meister der Sportbereichsklasse Kurhessen |
| TuS Neuendorf | Meister der Sportbereichsklasse Moselland |
| Kickers Offenbach | Meister der Sportbereichsklasse Hessen-Nassau |
| Kriegssportgemeinschaft FV/AK Saarbrücken | Meister der Sportbereichsklasse Westmark |
| VfR Mannheim | Meister der Sportbereichsklasse Baden |
| FC Mülhausen 93 | Meister der Sportbereichsklasse Elsass |
| Göppinger SV | Meister der Sportbereichsklasse Württemberg |
| 1. FC Nürnberg | Meister der Sportbereichsklasse Nordbayern |
| FC Bayern München | Meister der Sportbereichsklasse Südbayern |
| Nationalsozialistische TG Brüx | Meister der Sportbereichsklasse Sudetenland |
| Militär-SV Brünn | Meister der Sportbereichsklasse Böhmen-Mähren |
| First Vienna FC 1894 | Meister der Sportbereichsklasse Donau-Alpenland |
| Luftwaffen-SV Danzig | Meister der Sportbereichsklasse Danzig-Westpreußen |
| BSG SDW Posen | Meister der Sportbereichsklasse Wartheland |
| Luftwaffen-SV Mölders Krakau | Meister der Sportbereichsklasse Generalgouvernement |
Per Freilos zog Borussia Fulda ins Achtelfinale ein.
HSV Groß Born verzichtete auf das Spiel.