| Rückrundentabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | Bayern München II | 18 | 14 | 2 | 2 | 48:16 | 32 | 44 |
| 2. | (2) | TSV 1860 München (A) | 18 | 13 | 3 | 2 | 44:14 | 30 | 42 |
| 3. | (3) | 1. FC Schweinfurt 05 | 18 | 11 | 3 | 4 | 47:30 | 17 | 36 |
| 4. | (5) | VfB Eichstätt (N) | 18 | 10 | 4 | 4 | 29:20 | 9 | 34 |
| 5. | (4) | VfR Garching | 18 | 10 | 3 | 5 | 38:32 | 6 | 33 |
| 6. | (7) | Wacker Burghausen | 18 | 8 | 4 | 6 | 25:20 | 5 | 28 |
| 7. | (6) | SpVgg Greuther Fürth II | 18 | 8 | 3 | 7 | 27:24 | 3 | 27 |
| 8. | (8) | SV Schalding-Heining | 18 | 8 | 1 | 9 | 30:35 | -5 | 25 |
| 9. | (10) | FC Pipinsried (N) | 18 | 6 | 6 | 6 | 25:26 | -1 | 24 |
| 10. | (11) | FC Augsburg II | 18 | 7 | 3 | 8 | 19:20 | -1 | 24 |
| 11. | (12) | FC Memmingen | 18 | 6 | 5 | 7 | 26:27 | -1 | 23 |
| 12. | (9) | 1. FC Nürnberg II | 18 | 7 | 2 | 9 | 28:31 | -3 | 23 |
| 13. | (13) | FV Illertissen | 18 | 4 | 7 | 7 | 21:27 | -6 | 19 |
| 14. | (16) | TSV Buchbach | 18 | 5 | 4 | 9 | 23:31 | -8 | 19 |
| 15. | (14) | SpVgg Bayreuth | 18 | 5 | 4 | 9 | 27:41 | -14 | 19 |
| 16. | (15) | FC Ingolstadt 04 II | 18 | 5 | 2 | 11 | 27:35 | -8 | 17 |
| 17. | (17) | SV Seligenporten | 18 | 4 | 4 | 10 | 14:28 | -14 | 16 |
| 18. | (18) | 1860 Rosenheim | 18 | 1 | 9 | 8 | 16:32 | -16 | 12 |
| 19. | (19) | FC Unterföhring (N) | 18 | 2 | 5 | 11 | 15:40 | -25 | 11 |
Der Meister qualifizierte sich in der Aufstiegsrunde für die 3. Liga.
Die letzten beiden Klubs steigen direkt ab.
Der Dritt- und Viertletzte bestreiten Relegationsspiele.
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