| Rückrundentabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | Bayern München II | 17 | 13 | 2 | 2 | 45:15 | 30 | 41 |
| 2. | (2) | TSV 1860 München (A) | 17 | 12 | 3 | 2 | 40:13 | 27 | 39 |
| 3. | (3) | 1. FC Schweinfurt 05 | 17 | 10 | 3 | 4 | 40:28 | 12 | 33 |
| 4. | (5) | VfR Garching | 17 | 10 | 2 | 5 | 35:29 | 6 | 32 |
| 5. | (4) | VfB Eichstätt (N) | 17 | 9 | 4 | 4 | 27:20 | 7 | 31 |
| 6. | (7) | SpVgg Greuther Fürth II | 17 | 8 | 3 | 6 | 27:22 | 5 | 27 |
| 7. | (6) | Wacker Burghausen | 17 | 8 | 3 | 6 | 24:19 | 5 | 27 |
| 8. | (8) | SV Schalding-Heining | 17 | 8 | 1 | 8 | 29:32 | -3 | 25 |
| 9. | (9) | 1. FC Nürnberg II | 17 | 7 | 2 | 8 | 27:28 | -1 | 23 |
| 10. | (10) | FC Pipinsried (N) | 17 | 6 | 5 | 6 | 22:23 | -1 | 23 |
| 11. | (11) | FC Augsburg II | 17 | 6 | 3 | 8 | 15:19 | -4 | 21 |
| 12. | (13) | FC Memmingen | 17 | 5 | 5 | 7 | 23:26 | -3 | 20 |
| 13. | (14) | FV Illertissen | 18 | 4 | 7 | 7 | 21:27 | -6 | 19 |
| 14. | (16) | SpVgg Bayreuth | 17 | 5 | 4 | 8 | 26:37 | -11 | 19 |
| 15. | (12) | FC Ingolstadt 04 II | 17 | 5 | 2 | 10 | 26:31 | -5 | 17 |
| 16. | (17) | TSV Buchbach | 17 | 4 | 4 | 9 | 20:30 | -10 | 16 |
| 17. | (15) | SV Seligenporten | 17 | 4 | 4 | 9 | 13:25 | -12 | 16 |
| 18. | (18) | 1860 Rosenheim | 17 | 1 | 8 | 8 | 15:31 | -16 | 11 |
| 19. | (19) | FC Unterföhring (N) | 17 | 2 | 5 | 10 | 13:33 | -20 | 11 |
Der Meister qualifizierte sich in der Aufstiegsrunde für die 3. Liga.
Die letzten beiden Klubs steigen direkt ab.
Der Dritt- und Viertletzte bestreiten Relegationsspiele.
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