| Rückrundentabelle | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pl. | Pl. | Verein | Sp. | Ge | Un | Ve | Tore | Diff | Pkte |
| 1. | (1) | TSV 1860 Rosenheim | 16 | 11 | 3 | 2 | 38:19 | 19 | 36 |
| 2. | (4) | TSV Buchbach | 16 | 9 | 4 | 3 | 35:19 | 16 | 31 |
| 3. | (3) | SpVgg Bayern Hof | 16 | 9 | 4 | 3 | 28:12 | 16 | 31 |
| 4. | (5) | TSV Rain/Lech | 16 | 8 | 5 | 3 | 25:15 | 10 | 29 |
| 5. | (2) | SV Seligenporten | 16 | 8 | 5 | 3 | 25:17 | 8 | 29 |
| 6. | (6) | SC Eltersdorf (N) | 16 | 9 | 1 | 6 | 33:29 | 4 | 28 |
| 7. | (7) | 1. FC Schweinfurt 05 | 16 | 7 | 4 | 5 | 35:29 | 6 | 25 |
| 8. | (9) | Würzburger FV | 16 | 6 | 4 | 6 | 31:30 | 1 | 22 |
| 9. | (12) | FC Ismaning | 16 | 5 | 6 | 5 | 21:18 | 3 | 21 |
| 10. | (11) | TSV Großbardorf | 16 | 5 | 5 | 6 | 26:31 | -5 | 20 |
| 11. | (8) | FC Eintracht Bamberg 2010 | 16 | 6 | 2 | 8 | 25:33 | -8 | 20 |
| 12. | (13) | VfL Frohnlach (N) | 16 | 4 | 7 | 5 | 25:25 | 0 | 19 |
| 13. | (10) | SV Heimstetten | 16 | 6 | 1 | 9 | 30:34 | -4 | 19 |
| 14. | (16) | SpVgg Unterhaching II | 16 | 4 | 4 | 8 | 19:25 | -6 | 16 |
| 15. | (14) | SB DJK Rosenheim (N) | 16 | 3 | 6 | 7 | 23:30 | -7 | 15 |
| 16. | (15) | FSV Erlangen-Bruck | 16 | 3 | 5 | 8 | 15:29 | -14 | 14 |
| 17. | (17) | TSV Aindling | 16 | 3 | 4 | 9 | 14:27 | -13 | 13 |
| 18. | (18) | TSV Gersthofen (N) | 16 | 2 | 2 | 12 | 18:44 | -26 | 8 |
Die ersten neun Mannschaften qualifizieren sich für die neue Regionalliga Bayern
Die Mannschaften auf den Plätzen 10 bis 15 ermitteln mit den Meistern und Vizemeistern
der drei Landesligen in zwei Play-off-Runden weitere drei Aufsteiger in die Regionalliga
Die Bayernliga spielt 2012/13 in zwei Gruppen Nord und Süd
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